strain-skill
v1.0.0自动解析测序文件，执行NCBI BLAST比对，生成钉钉表格及Word鉴定报告，实现菌株鉴定自动化。
Sourced from ClawHub,
Authored by meta-men
Installation
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npx skills add meta-men/strain-skill
Strain Identification BLAST Skill
菌种鉴定自动化工具：解析测序SEQ/FASTA文件 → 在线NCBI BLAST比对 → 生成钉钉表格数据 → 自动生成Word鉴定报告
功能
- 支持解析
.seq/.fasta格式的测序文件 - 自动调用 NCBI 在线 BLAST 进行序列比对
- 生成可直接填入钉钉表格的结构化结果
- 基于 Word 模板自动生成菌种鉴定报告
使用方法
触发指令示例：
处理测序文件 [文件路径]，使用模板 [模板路径] 生成鉴定报告，并输出钉钉表格数据
参数说明
| 参数名 | 类型 | 描述 |
|---|---|---|
| file_path | string | 测序文件（.seq/.fasta）的本地路径 |
| report_template | string | Word 报告模板的本地路径 |
依赖
- biopython>=1.81
- python-docx>=0.8.11
- requests>=2.31.0
注意事项
- 测序文件建议命名为「样品编号.seq」，便于自动提取样品ID
- Word 模板中需使用变量标识：
{样品编号}、{鉴定菌种}、{相似度}、{覆盖度}、{登录号}、{鉴定时间}、{鉴定结论} - 依赖会在 Skill 安装时自动下载，无需手动安装